Jacob Neestrup er cheftræner i F.C. København, hvor han blev ansat som cheftræner i efteråret 2022. Neestrup tog over som cheftræner for F.C. København efter fyringen af Jess Thorup. Han var forinden udnævnelsen som cheftræner også assistenttræner i klubben, og han havde også forinden arbejdet som cheftræner i Viborg FF.

Jacob Neestrup har to år i træk spillet Champions League-gruppespil med F.C. København, og han vandt i sæsonen 2022/2023 såvel det danske mesterskab som pokalturneringen med F.C. København.